登上Cell子刊封面:复旦大学开发出最强Fanzor基因编辑系统,单个AAV递送,实现高效体内基因编辑


来源:生物世界 2025-12-01 09:46

以 CRISPR-Cas9 和 CRISPR-Cas12 系统为代表的可编程核酸酶能够对目标 DNA 进行精确的基因编辑。

以CRISPR-Cas9和CRISPR-Cas12系统为代表的可编程核酸酶能够对目标 DNA 进行精确的基因编辑。

在已鉴定的 Cas 蛋白中,SpCas9 和 AsCas12a 表现出强大的基因编辑活性。然而,最常用的体内基因递送载体 腺相关病毒(AAV)的最大包装容量为 4.7 kb,这不足以将 SpCas9(1368 个氨基酸)或 AsCas12a(1307 个氨基酸)封装进单个 AAV 载体中,需要拆分后使用双 AAV 载体进行递送。

2023 年 6 月,CRISPR 基因编辑先驱张锋教授在Nature期刊发表论文,首次在真核生物中发现了一种 CRISPR 样系统 Fanzor,这是一种RNA 引导的 DNA 切割酶,可在重编程后实现对人类基因组的精准基因编辑。更重要的是,这种新型CRISPR样系统,可以在重编程后实现对人类基因组的编辑。Fanzor 非常紧凑,仅为 400-700 个氨基酸,非常适合通过单个腺相关病毒(AAV)进行体内递送。此外,其真核细胞起源,有望降低在人类细胞中的免疫原性。

然而,Fanzor 系统在哺乳动物和人类基因组编辑中效率低下,限制了其进一步应用。因此,有必要通过基因工程改造提高其在在人类细胞中的基因编辑效率。

2025 年 11 月 20 日,复旦大学附属眼耳鼻喉科医院周行涛、黄锦海、赵国丽团队在 Cell 子刊Molecular Cell上发表了题为:Engineered hypercompact Fanzor- RNA system with enhanced genome editing activity的研究论文,该论文还被选为当期封面论文。

该研究通过工程化改造,开发了具有更强基因组编辑活性的超紧凑型Fanzor- RNA系统,编辑效率提升了6-129 倍,使其成为目前 Fanzor1 家族中活性最强的 RNA 引导的真核内切核酸酶。其还可被开发为碱基编辑器。更重要的是,该系统体积小巧,可通过单个 AAV 递送至体内,实现稳健的体内基因组编辑,有望应用于基础研究和疾病治疗。

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两条自主航行的白色小船沿着精确绘制的 DNA 河流前行,象征着由单个 AAV 递送的源自真核生物的 Fanzor 编辑器。阳光穿透云层,照亮大海,暗示着疾病治疗的希望。当小船抵达阳光照耀的航标时,DNA 双螺旋从蓝色变为金色,标志着精准基因组编辑。旁边,两条满载的木船在汹涌的海浪中艰难前行,划桨者奋力朝着目标前进 代表着体积更大的 Cas9 编辑器和双 AAV 递送系统。

作为在真核生物中发现的首个可编程的 RNA 引导的 DNA 核酸酶,Fanzor以其紧凑的结构在基因组编辑方面展现了巨大潜力。研究显示,Fanzor广泛存在于真核生物(Fanzor1)及其相关病毒(Fanzor2)中,然而,编辑效率低下限制了其在哺乳动物和人类基因组编辑中的应用。

在这项最新研究中,研究团队开发了一种基于Fanzor 的小型化基因编辑系统 SpuFz1 V4,在人类基因组中展现了强大的基因编辑能力。通过对来自土壤真菌Spizellomyces punctatus的SpuFz1的蛋白及其 RNA 进行了工程化设计和改造,使其产生 DNA 双链断裂(DSB)的效率提高了 6-129 倍,使其成为目前 Fanzor1 家族中活性最强的 RNA 引导的真核内切核酸酶。

研究团队通过将 DNA 切割活性丧失的 SpuFz1 与脱氨酶融合,开发出了基于 Fanzor 的碱基编辑器,实现了高效的 A T-to-G C 和 C G-to-T A 的单碱基编辑,证明了 Fanzor 平台在腺嘌呤碱基编辑和胞嘧啶碱基编辑中的适用性。

此外,研究团队进一步验证了SpuFz1 V4 的体内编辑潜力,,得益于SpuFz1 V4 的紧凑结构,单个 AAV 就足以递送 SpuFz1 V4 及其 RNA,将其注射到小鼠视网膜下,在体内高效编辑了Nfkb1基因,表明了单个AAV 递送的 SpuFz1 V4- RNA 系统能够体内实现高效的基因组编辑,支持其作为紧凑型基因组编辑工具的体内疾病治疗应用。

该研究的核心发现:

对真核生物 Fanzor SpuFz1 进行理性工程改造,获得了超强活性的SpuFz1 V4;

DNA 脱氨酶与 SpuFz1 融合,实现腺嘌呤和胞嘧啶碱基编辑;

紧凑型 SpuFz1 V4 支持单个 AAV 递送用于体内治疗应用。

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总之,我们的研究展示了一种经过工程改造的超紧凑型真核生物内切酶,它在哺乳动物细胞中具有强大的基因编辑能力。

论文链接:

https://www.cell.com/molecular-cell/fulltext/S1097-2765(25)00816-0

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